한국콩연구회

야생콩 유전체 정보를 이용한 기능성 유전자 탐색 및 작물 개량

Wild soybean genome-assisted functional gene discovery and soybean crop improvement

주관연구기관 : 서울대학교

발행년월 : 2011-02

주관부처 ; 농촌진흥청

원문

http://www.ndsl.kr/ndsl/commons/util/ndslOriginalView.do?dbt=TRKO&cn=TRKO201100016041&rn=&url=&pageCode=PG18

초록

The genome of soybean (Glycine max), a commercially important crop, has ecently been sequenced and is one of crop species to have been sequenced. ere, we report the genome sequence of G. soja, the undomesticated ancestor of . max (specially, soja var. IT182932). The 48.8 Gb Illumina-GA short DNA eads were aligned to the G. max reference genome and a new consensus was etermined for G. soja. This consensus sequence spanned 915.4 Mb, representing coverage of 97.65% of the G. max published genome sequence and an average apping depth of 43-fold. The nucleotide sequence of the G. soja genome, which ontains 2.5 Mb of substituted and 406 kb of small insertions/deletions elative to G. max, is -0.31% different from that of G. max. In addition to the apped 915.4 Mb consensus sequence, 32.4 Mb of large deletions and 8.3 Mb of ovel sequence contigs in the G. soja genome were also detected. Nucleotide ariants of G. soja versus G. max confirmed by GS-FLX sequencing showed a 9.99% concordance in single nucleotide polymorphism and a 98.82% agreement in nsertion/deletion calls on Illmuina-GA reads. Data presented in this study suggest hat the G. soja/ G. max complex may be at least 0.27 million years ago, appearing efore the relatively recent event of domestication (6,000-9,000 years ago). This uggests that soybean domestication complicated and that more in-depth study f population genetics is needed. In any case, genome comparison of domesticated and undomesticated forms of soybean can facilitate improvement.

제 1 세부연구과제 : 야생콩 유전체분석과 농업적 기능성 유전자 탐색

○ 국내 자생 야생콩(G. soja) 유전체 전체 삿건 염기서열 분석과 야생콩 염기서열 어셈블리 및

주석달기

○ 재배콩파 야생콩 유전체 염기서열 변이 탐색

○ 재배콩 유전체 정보와의 비교를 통한 농업적 유용 및 기능성 유전자 동정

제 2 세부연구과제 : 야생콩 유전자 기능검정용 VIGS 벡터 제작 및 응용

○ 야생콩 가능검정용을 위한 다양한 VIGS 벡터 제작

○ VIGS 벡터의 활용하여 야생콩 유전자의 기능을 검정하기 위하여 다양한 커들 검증

제 1 협동연구과제 : 경작화에서 손실된 야생콩 중요 농업형질 유전자의 동정을 위한 분자마커의 대량

개발

○ 황금 (재배콩) x IT182932 (야생콩) 재조합 (<TEX>F_{15}) 집단을 이용한 고밀도 유전자 지도 작성

○ 야생콩 농업형질 결정 유전자촤의 상세유전지도 작성을 통한 유전자 동정

○ Advanced backcross 집단 분석