한국콩연구회

콩(Glycine max)에서 뿌리혹 특이적 EST 분석을 통한 유용유전자 대량 탐색

High throughput screening of useful genes by analyzing the nodule-specific EST from Soybean

사업명 : 21C프론티어연구개발사업(작물유전체기능연구사업)

주관연구기관 : 서울대학교

연구책임자 : 안정선

발행년월 : 2004-08

주관부처 : 농촌진흥청

원문

http://www.ndsl.kr/ndsl/commons/util/ndslOriginalView.do?dbt=TRKO&cn=TRKO200400001533&rn=&url=&pageCode=PG18

초록

1) Construction of full-length cDNA library for root nodule and its EST database.

cDNA library specific for the root nodule of soybean will be constructed by using mRNAs from root nodules 2, 5, and 10 weeks after innoculation with symbiont Rhizobium strain. In three years, 4,000 unique cDNA clones, 100 clones with complete sequence and 25 candidate useful clones will be included in the EST database by partial sequencing and bioinformatics of 10,000 clones.

2) Pilot cDNA chip construction for the in mass analysis of expression patterns.

Non-repetitive clones will be used for the construction of DNA chip for the latter use.

- 생태계 질소원의 대부분을 공급하는 콩과식물-Rhizobium 간의 공생관계는 뿌리혹을 통해 이루어짐

- 뿌리혹 발달에 관여하는 유용유전자의 대량탐색은 질소고정의 효율적 이용을 위해 필수적인 과정.

□따라서 본 연구에서는 다음과 같은 과정을 수행하였음.

- 콩을 Bradyrhizobium japonicum USDA110으로 감염시킨 후 세 가지 서로 다른 뿌리혹 발달 단계로

부터 cDNA library를 제작­

- 5,469 개의 cDNA 클론 sequencing을 수행하여 2,511 개 non-redundant (nr) EST database 구축

- in silico 분석을 통해 뿌리혹에서 발현이 증가할 것으로 예상되는 332 개 cDNA 클론으로 구성된 cDNA microarray를 제작­

- cDNA microarray 분석 결과, 뿌리혹 발달 과정동안 발현이 증가하는 58 개 유전자를 선별

이들 유전자는 기존에 알려진 nodulin 유전자, 탄소와 질소대사 관련유전자, 그리고 단백질 분해관련 유전자 둥으로 밝혀짐